蛋白质组学是科学领域常用的核心组学技术之一，用于研究驱动细胞功能和疾病发病机制的分子过程。虽然这种使能技术可以独立使用，但如今它正越来越多地与代谢组学等其他“组学技术”相结合，以更全面地了解系统生物学。1,2无论部署何种“组学”技术，质谱（MS）都是分析物检测的理想工具（肽是这里的重点），因为它具有广泛的分析优势。在样品分析阶段，质谱仪可以以多种模式运行（例如，多反应监测，MRM；平行反应监测，PRM），通常以分离技术（例如，液相色谱或LC）为先导，以提高测量的特异性和灵敏度。
方法开发的关键要素之一是样品制备。所使用的方法应包含同位素标记的标准品（如13C和/或15N），因为这些标准品可以帮助补偿基质诱导的抑制和程序/仪器变化。这些标准的其他好处是，它们有助于正确识别内源性分析物，检测化学干扰，提高分析精度。在蛋白质组学应用中，标准化剂（即肽或蛋白质标记标准品）的选择是基于用户的，每种标准化剂都有其固有的优缺点，应该加以权衡。稳定同位素标记的肽标准方法在MS蛋白质组学中很常见，特别是在靶向生物标志物研究中，3多年来已被证明是鉴定和量化肽（和蛋白质）的可靠方法。为了确保稳健的检测工作流程，在实验设计和应用开发中必须考虑某些因素。例如，这涉及稳定同位素标记肽标准品的选择、合成和分析。
在这篇文章中，从蛋白质组学领域的两篇最新（和不同）出版物中选择了两种稳定同位素标记的肽标准品。病例实例是肽ATHVGNDTTLAQIVK（K或L-赖氨酸处的13C6/15N2）和AYNVTQAFGR（A或L-丙氨酸处的13C3和R或L-精氨酸上的13C6/15N4）。在其应用中，ATHVGNDTTLAQIVK标记标准用于量化威尔森病患者干血点样本中的ATP7B蛋白。4后者AYNVTQAFGR标准用于新冠肺炎患者临床鼻咽拭子样本的靶向LC-PRM/MS分析。5本文描述了其合成和表征的示例方法，以及标记标准在基于MS的蛋白质组学研究中的应用概述。
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